卡牌系统是游戏的核心玩法之一，但玩家在使用卡牌时会遇到多种限制。卡牌分为即时卡、驻场卡、伙伴卡和回响卡四种类型，每种类型的卡牌在效果和使用方式上都有不同的规则。即时卡通常是法术类卡牌，释放后立即或延迟生效，但效果结束后会消散；驻场卡则是召唤物，可以持续存在于战场上；伙伴卡代表霍格沃茨的同伴，具有特殊的行动方式；回响卡则提供全局属性加成，决定卡组的流派方向。这些分类限制了卡牌的搭配和使用策略，玩家需要根据战斗需求合理选择卡牌类型。
卡牌的等级和稀有度也构成了重要的限制因素。游戏中的卡牌等级上限为15级，升级需要消耗相同卡牌和金币，不同稀有度的卡牌初始等级不同，例如橙卡初始等级为9级。稀有度分为普通、稀有、史诗和传说，高稀有度卡牌虽然强度较高，但获取和升级难度更大。卡牌的熟练度系统要求玩家通过参与决斗俱乐部、课堂或禁林并获胜来提升，解锁贴纸和称号，但这并不影响卡牌的实际效果。
卡牌的使用还受到魔力消耗和战场环境的限制。每张卡牌都有固定的魔力消耗，玩家需要合理规划魔力分配，避免卡手或资源浪费。部分卡牌具有特殊的施法范围或作用范围，例如门钥匙需要碰触单位才能触发位移效果，而云雾飘渺则需要在指定区域制造隐身区域。这些限制要求玩家在释放卡牌时注意位置和时机，否则可能无法发挥最大效果。
禁忌卡牌和光辉卡牌的设定进一步增加了卡牌使用的限制。禁忌卡牌如阿瓦达索命、钻心剜骨和默默然会影响玩家的禁忌值，进而改变巫师灵魂状态，在决斗俱乐部中触发特定的进场特效。光辉卡牌则与之相对，例如伙伴卡阿不思·邓布利多。使用这些卡牌需要权衡其强力效果与对灵魂状态的影响，玩家需根据战术需求谨慎选择。
玩家主要通过图书馆抽卡、禁林探索和课程挑战获得卡牌，而回响卡则需要通过禁林收集特殊素材才能解锁。这种设计使得玩家需要投入时间或资源才能完善卡组，尤其是高稀有度卡牌的获取更具挑战性。合理规划卡牌收集和升级路径是提升战力的关键。
