大掌门二的关卡系统构建了一个层次丰富的武侠世界，其深度关卡主要集中在以侠客列传为核心的主线剧情中。这套系统被分为多个剧情章节，每个章节内又包含了数十个独立设计的关卡，共同推动江湖故事的逐步展开。从整体架构上看，游戏的基础关卡数量就相当庞大，并且这个数字并非一成不变，它会游戏版本的定期更新而持续增加，以确保为玩家带来不断延伸的探索体验。
若要探讨具体的层数，我们需要区分不同的关卡类型。游戏的主线部分通常采用章节式结构，根据玩家社区的探索反馈，目前版本可体验的主线章节已超过二十章，而每一章大致由十到十五个细分关卡组成。以此估算，仅主线部分的基础关卡总量就可能达到两百至三百层，这为玩家提供了扎实且循序渐进的核心挑战内容。这个数字会官方的内容扩充而动态变化。
除了明确的主线章节，游戏中真正的深度挑战往往体现在一些特殊玩法上，例如血战雁门关和大散关。这类模式采用了独特的无限延伸机制，每日有有限的挑战次数，但关卡本身在理论上是没有通关上限的。玩家每次进入都会面临系统根据进度生成的新挑战，这意味着它的层数是不断向后推进的，持续考验玩家阵容的极限和策略的深度。
游戏的策略性得到了进一步深化。为了帮助玩家应对越来越强的敌人，系统设定了阶段性的增益选择，例如每通过三层关卡，便有机会获得攻击、防御或气血等属性的百分比强化效果。这种设计巧妙地将关卡层数的推进与角色能力的临时成长绑定在一起，要求玩家在长远规划和即时战力之间做出判断，从而增加了挑战过程的策略维度。
关卡层的推进不仅关乎挑战本身，也与资源获取紧密相连。玩家挑战的层数越高，所能获得的奖励通常也越丰厚，包括用于兑换高级装备碎片的核心货币。部分高难度关卡还会成为获取特定培养材料的唯一途径，这使得向更深层数进发不再是单纯的战力检验，更是玩家优化阵容、积累资源以强化门派的必由之路。
